Niektóre antybiotyki podawane w czasie ciąży, zwłaszcza w jej pierwszym trymestrze, mogą oddziaływać szkodliwie na płód, a stosowane w okresie połogu mogą obciążać organizm noworodka, przedostając się do jego ustroju z pokarmem matki. Z tego powodu decyzja o wdrożeniu leczenia antybiotykami w ciąży i w okresie laktacji powinna być zawsze dokładnie analizowana pod kątem wskazań medycznych, korzyści terapeutycznych i możliwego toksycznego działania na dziecko.
Zastosowanie antybiotyku jest zazwyczaj konieczne, jeśli w czasie ciąży rozpoznana zostanie infekcja, która nie może być leczona w inny sposób. W przeciwnym razie mogłoby dojść do zaostrzenia choroby lub wystąpienia groźnych dla zdrowia i życia powikłań nieleczonego zakażenia.

W przypadku ciężkich zakażeń (sepsa) dopuszcza się stosowanie każdego dostępnego antybiotyku, który może poprawić stan zdrowia lub uratować życie matki. Współcześnie medycyna dysponuje szeroką gamą antybiotyków, w tym preparatami o udokumentowanym braku szkodliwości dla ciąży. Uważa się, że antybiotyki z grupy penicylin, cefalosporyn i niektóre makrolidy mogą być bezpiecznie stosowane w ciąży. Ważne jest, by lek przeciwbakteryjny został dobrany empirycznie, na podstawie celowanego antybiogramu - badania laboratoryjnego, mającego na celu określenie wrażliwości obecnych w próbce drobnoustrojów na najczęściej stosowane antybiotyki.

Antybiotyk przyjmujemy zawsze do końca ustalonego przez lekarza okresu leczenia, w zalecanej dawce, nawet jeśli objawy choroby ustąpią wcześniej. W przeciwnym razie infekcja może powrócić, zaś bakterie mogą nabrać oporności na daną grupę antybiotyków.
Wskazaniami do podania antybiotyku w okresie ciąży i połogu są: zakażenia górnych i dolnych dróg oddechowych, zakażenia układu moczowego, odmiedniczkowe zapalenie nerek, Chlamydioza, rzęsistkowica, rzeżączka i inne choroby przenoszone drogą płciowa (np. kiła), nosicielstwo paciorkowca gr. B (profilaktyka okołoporodowa), przedwczesne pęknięcie pęcherza płodowego, poważne choroby w czasie ciąży, np. zapalenie wsierdzia.

Terapia antybiotykowa niesie ze sobą także liczne działania niepożądane. Jednym z ubocznych skutków jest niszczenie dobroczynnej flory bakteryjnej Lactobacillus przewodu pokarmowego i pochwy. W ten sposób organizm pozbawia się obrony oraz witamin wytworzonych przez bakterie. Działanie antybiotyków zakłóca równowagę mikrobiologiczną, co prowadzi do nadmiernego namnażania się bakterii i grzybów chorobotwórczych oraz powstania stanów zapalnych m.in. miejsc intymnych.

Nieleczone, bądź nieprawidłowo zdiagnozowane bakteryjne zakażenie pochwy, może przejść w przewlekłe, często utajone zakażenie, a z czasem doprowadzić do bardzo poważnych w skutkach powikłań. Może spowodować bezpłodność, jeśli infekcja dojdzie do szyjki macicy i jajowodów, natomiast u kobiet w ciąży może być przyczyną przeniesienia infekcji od matki na noworodka, a w niektórych przypadkach doprowadzić nawet do poronienia.

Dla zdrowia intymnego kobiety szczególnie ważne jest utrzymywanie prawidłowego pH pochwy oraz równowagi mikrobiologicznego środowiska pochwy, które zostają zaburzone jako wynik ubocznego działania antybiotyków. Sposobem, który pozwoli przywrócić równowagę mikrobiologiczną jest uzupełnianie składu mikroflory układu moczowo-płciowego kobiety o specjalnie wyselekcjonowane bakterie Lactobacillus, które posiadają zdolność kolonizacji nabłonka pochwy i układu pokarmowego.